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Grundsätzlich treten Unverträglichkeitsreaktionen oder Hypersensitivitäten bei genetisch dafür prädisponierten Menschen auf. Sie sind abzugrenzen von Vergiftungen, die durch giftige, kontaminierte oder verdorbene Nahrungsmittel hervorgerufen werden.
 
Unverträglichkeitsreaktionen oder Hypersensitivitäten können unterschiedliche Ursachen haben und müssen daher differenziert werden:
- Nahrungsmittelallergien sind immunologisch bedingt, nach wiederholtem Kontakt mit den Antigenen treten klinische Symptome auf
- Lebensmittelintoleranzen sind nicht immunologisch bedingt und werden ihrerseits in Pseudoallergien und Enzymopathien unterschieden
- Pseudoallergien sind Unverträglichkeiten bestimmter Stoffe, die ähnliche Symptome hervorrufen wie eine Allergie, bspw. bei biogenen Aminen
- Enzymopathien werden durch Störungen der Aktivität von Enzymen oder Coenzymen verursacht, bspw. die Laktoseintoleranz
 
Chronische Krankheiten wie Migräne, Reizdarm und Hyperaktivitätssyndrom bei Kindern werden entgegen landläufiger Meinung nicht durch Nahrungsmittelunverträglichkeiten verursacht.
 
Gerade bei Kindern können Nahrungsmittelallergien von einer mangelnden Reife des Immunsystems oder der Darmmukosa verursacht sein. So verschwinden einige Allergien mit der Zeit, wie etwa gegen Molkenproteine oder Kasein. Allergien gegen Fisch oder Nüsse können bis ins Erwachsenenalter bestehen.
 
Nahrungsmittelallergien sind in der Regel Typ-I-Allergien, es kommt also zu einer sofortigen Reaktion. Die Prävalenz liegt bei etwa zwei bis fünf Prozent der Bevölkerung, wobei Frauen etwa doppelt so häufig betroffen sind wie Männer. Als Antigene bzw. Allergene treten besonders häufig Glykoproteine von unverarbeiteten Lebensmitteln auf. Feinstaub, Zigarettenrauch bzw. Alkohol, Schwefeldioxid, biogene Amine sowie Schimmel können das Allergierisiko erhöhen bzw. Reaktionen fördern.
 
Zu den häufigsten Symptomen gehören juckende Quaddeln auf der Haut, daneben sind teils auch die Atemwege, der Gastrointestinaltrakt und das Herz-Kreislauf-System betroffen.
 
Grundsätzlich hängt das Auftreten einer Nahrungsmittelallergie von den Essgewohnheiten eines Kulturkreises ab. Am häufigsten treten auf:
- bei Kindern: Kuhmilch, Hühnereiweiß, Fische, Erdnüsse, Soja, Steinobst
- bei Erwachsenen: Baum- und Erdnüsse, Fische und Schalentiere, Gewürze, Gemüse (z. B. Sellerie), Getreide, Obst (besonders Steinobst)
 
Zur Sekundärprävention bei vorbelasteten Familien haben die Deutsche Gesellschaft für Allergologie und klinische Immunologie (DGAKI) und die Deutsche Dermatologische Gesellschaft (DDG) entsprechende Leitlinien veröffentlicht.
 
Für eine Therapie muss eine eindeutige Diagnose vorliegen.
 
Pseudoallergien haben eine Prävalenz von weniger als einem Promille, können aber bei Kindern mit atopischer Dermatitis relativ häufig auftreten. Symptome sind u. a. Hautrötungen, Übelkeit und Kopfschmerzen. Die Diagnose erfolgt über orale Provokationstests oder Karenzdiäten.
 
Bei den angeborenen Enzymopathien liegt entweder ein Enzymmangel oder eine veränderte Enzymstruktur vor. Eine sekundäre Form entsteht durch Störungen von außen, etwa durch Entzündungen oder Vergiftungen.
 
Am bekanntesten und häufigsten ist der Laktasemangel, der Milchzucker kann nicht in Glukose und Galaktose zerlegt werden. Problematisch ist in diesem Falle die Aufnahme von Kalzium, da dieser hierzulande etwa zur Hälfte über Milch und Milchprodukte erfolgt. Kalziumreiche Alternativen sind Grünkohl, Spinat, Brokkoli, Sardinen, Krabben und Tofu. Eine vorliegende Zöliakie kann die Kalziumverfügbarkeit ebenfalls mindern.
 
Fruktoseintoleranz hängt mit einem Defekt des Enzyms Aldolase zusammen, es kommt zu einer höheren Konzentration des toxischen Phosphats der Fruktose in der Dünndarmschleimhaut, der Leber und den Nieren.
 
Bei der Phenylketonurie fehlt das Enzym Phenylalaninhydroxylase entweder komplett oder hat zumindest nur eine sehr eingeschränkte Aktivität. Mit einer Häufigkeit von etwa 1:7.000 ist sie die häufigste Störung des Aminosäurenstoffwechsels in Deutschland. Phenylalanin kann nicht oder nicht ausreichend zu Tyrosin umgewandelt werden. Dies kann zu schweren neurologischen Störungen, bis hin zur geistigen Behinderung führen. Es empfiehlt sich eine pflanzenbetonte Kost, da so der Bedarf an Ersatzprodukten deutlich gesenkt werden kann.
 
In allen Fällen der Enzymopathie müssen die entsprechenden Lebensmittel mit Intoleranz hervorrufenden Substanzen gemieden werden.
 
Die in der Öffentlichkeit häufig diskutierte Zöliakie bzw. Glutenunverträglichkeit ist eine Zwischenform mit Merkmalen sowohl einer Allergie als auch einer Autoimmunerkrankung. Charakteristisch ist die chronische Entzündung der Dünndarmschleimhaut. Sie muss von der Weizenallergie und der sg. "Nicht-Zöliakie-Nicht-Weizenallergie-Weizensensitivität" differenziert werden. Die Prävalenz für eine Zöliakie liegt in Deutschland bei etwa zwei Promille.
 
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