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Die antike und mittelalterliche Heilkunde wurde ab der Neuzeit langsam abgelöst. Ein entschiedener Gegner der Humoralpathologie war im 16. Jahrhundert Paracelsus. René Descartes führte im 17. Jahrhundert das mechanische Menschenbild ein, dem von Jean-Jacques Rousseau im 18. Jahrhundert durch ein naturromantisches und zivilisationskritisches Weltbild entgegnet wurde.

So spielte die Ernährung bei Christoph Wilhelm Hufeland wieder eine größere Rolle. Er schrieb in seinem "Lehrbuch der allgemeinen Heilkunde" von 1796:
"Zuviel Essen und Trinken strengt die Kräfte der Restaurationsorgane zu sehr an."

Im selben Jahr schrieb er in seiner "Makrobiotik":
"Der größte Teil der Menschheit isst viel mehr, als er nötig hat. Wer alt werden will, esse langsam. Man esse nie so viel, dass man den Magen füllt."

Auf dem Naturismus Rousseaus basiert auch die Entwicklung der Naturheilkunde in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts, jedoch spielte die Ernährung zu Beginn, etwa bei den medizinischen Laien Ferdinand C. Oertel oder Vincenz Prießnitz kaum eine Rolle. Erst Johann Schroth stellte die Ernährung in den Mittelpunkt einer heilkundlichen Therapie. Der eigentliche Fuhrmann entwickelte die sehr strenge, kohlenhydratreiche sowie protein- und salzarme "Entschlackungskur" aufgrund eigener Beobachtungen und Erfahrungen - die sg. "Schroth-Kur".

Eine wirkliche naturheilkundliche Ernährungslehre entwickelte aber erst Sebastian Kneipp, auch wenn diese sehr stark an der Hausmannskost seiner ländlichen bayerischen Umgebung orientiert war. Von ihm ist bspw. folgendes Zitat überliefert:
"Wenn du merkst, du hast gegessen, hast du schon zu viel gegessen."

Zur selben Zeit entwickelte sich auch langsam der Vegetarismus, u. a. durch Theodor Hahn und Louis Kuhne. Hahn setzte auf eine vegetarische Ernährung mit Vollkornbrot als Schwerpunkt der Naturheilkunde und führte das von Sylvester Graham erfundene Grahambrot in Deutschland ein. Kuhne propagierte die fleischlose "reizlose Ernährungsweise". Geprägt wurde der Begriff Vegetarismus 1839 in Großbritannien, die Vegetarian Society wurde 1847 gegründet. In Deutschland fand der Vegetarismus durch Gustav Struve, Wilhelm Zimmermann und den Begründer des ersten deutschen Vegetarismusvereins Eduard Baltzer Verbreitung. Vertreter des Vegetarismus waren teilweise der Ansicht, dieser stelle ein Allheilmittel für sämtliche Lebens- und Gesundheitsprobleme dar und beriefen sich dabei auch auf Erkenntnisse der Evolutionstheorie. Für sie war Vegetarismus ein Naturgesetz. In der Lebensreformbewegung wurden auch vegetarische Obstbaukolonien wie bei Oranienburg ("Eden") gegründet. Als Genossenschaft organisiert, wurde so die Zivilisationskritik der Anhänger praktisch umgesetzt.

Bis zum 20. Jahrhundert waren vorwiegend ärztliche Laien in der Naturheilkunde tätig, auch wenn Definition und Nomenklatur auf den bayerischen Arzt Lorenz Gleich zurückgehen.